用 BamHI切割一重組質(zhì)粒 DNA 分子并從中分離純化了兩個(gè) DNA片段，一段長400bp，另一段長 900bp。現(xiàn)在希望將這兩個(gè)片段重新連接起來，得到如圖 1 所示的結(jié)果。  
于是將這兩種片段混合起來，并在連接酶的存在下進(jìn)行溫育，分別在 30 分鐘和 8 小時(shí)取樣進(jìn)行凝膠電泳分析，令人驚訝的是，連接產(chǎn)物并非是理想中的 1．3kb的重組分子，而是一種復(fù)雜的片段模式（圖 A）。同時(shí)發(fā)現(xiàn)隨著溫育時(shí)間的延長，較小片段的濃度逐漸降低，大片段的濃度逐漸增加。如果用 BamHI來切割連接后的混合物，則起始的片段可以重新產(chǎn)生（圖 A）。  
從凝膠中分離純化出 1．3kb 的片段，并取出一部分用 BamHI進(jìn)行切割，以檢查它的結(jié)構(gòu)。正如預(yù)料的一樣，出現(xiàn)了兩個(gè)原始的帶（圖 B）。但是用 EcoRI切割另一部分樣品，希望能夠產(chǎn)生兩個(gè) 300bp 和一個(gè)長度為 700bp 的核苷酸片段，然而，凝膠電泳的結(jié)果，令人驚奇（圖 B）。