一種測序方法，包括從基因組中獲得隨機的、已測序的克隆片段，并且對初始基因的位置一無所知。

對兩個核苷酸或蛋白質序列的全長所進行的比對。

兩個序列之間有最高打分值的排列。

在替換矩陣中，每個位置的打分是在相關蛋白局部比對模塊中觀察到的替換的頻率而獲得的，每個矩陣被修改成一個特殊的進化距離。