能夠與其他DNA片段根據(jù)堿基互補序列（A與T配對，G與C配對）形成兩練結(jié)構(gòu)的核苷酸序列。
在替換矩陣中，每個位置的打分是在相關(guān)蛋白局部比對模塊中觀察到的替換的頻率而獲得的，每個矩陣被修改成一個特殊的進化距離。
原核生物調(diào)控蛋白結(jié)合的與基因啟動子相關(guān)的一段核苷酸序列。
