文昌魚的腸為一直管，向前伸出一個(gè)盲囊，突入咽的右側(cè)，而稱為肝盲囊，其能分泌消化液，與脊椎動(dòng)物的肝臟為同源器官。
文昌魚神經(jīng)管上的黑色小點(diǎn)，為光線感受器，稱為腦眼。
由于代謝水平低，不能產(chǎn)生足夠多的熱量和體溫調(diào)節(jié)機(jī)制不完善，體溫隨外界環(huán)境溫度的變化而變化的動(dòng)物，也稱外溫動(dòng)物。
由于代謝水平高，能產(chǎn)生足夠的熱量和體溫調(diào)節(jié)機(jī)制完善，體溫不隨外界環(huán)境溫度的變化而變化的動(dòng)物，也稱內(nèi)溫動(dòng)物。
